Na⁺/K⁺-АТФаза — насос, который за счёт одной молекулы АТФ выкачивает 3 иона Na⁺ из клетки и закачивает 2 иона K⁺ внутрь, против их градиентов. Она поддерживает высокий K⁺ и низкий Na⁺ внутри клетки, создаёт мембранный потенциал и запас энергии для вторичного транспорта.

Вода движется через мембрану путём осмоса — из области с меньшей концентрацией растворённых веществ в область с большей (по градиенту своей «активности»). Небольшая часть проходит прямо через липид, но быстрый транспорт воды идёт через специальные каналы — аквапорины.

Крупные молекулы и частицы, которые не проходят через белки, переносятся в мембранных пузырьках. Эндоцитоз — захват веществ внутрь клетки (фагоцитоз крупных частиц, пиноцитоз жидкости, рецептор-опосредованный эндоцитоз). Экзоцитоз — выброс содержимого пузырьков наружу (секреция).

Мембрана избирательно проницаема: она не пускает большинство ионов и полярных веществ, поэтому клетке нужны специальные способы переноса. Транспорт делят на пассивный (по градиенту, без затрат энергии) и активный (против градиента, с затратой энергии). Отдельно — перенос макромолекул (эндо- и экзоцитоз).

Каналы — белковые поры, через которые вещества (чаще ионы, вода) проходят очень быстро; многие каналы «воротные» (открываются по сигналу: напряжению, лиганду). Переносчики (транспортёры) связывают вещество и переносят его, меняя конформацию — медленнее, но с высокой специфичностью.

Облегчённая диффузия — пассивный перенос (по градиенту, без энергии), но с помощью белков: каналов или переносчиков. Так проходят вещества, которые сами через липид не проходят: глюкоза, аминокислоты, ионы. Отличается специфичностью и насыщением (белков ограниченное число).

Вторично-активный транспорт переносит вещество против его градиента, используя энергию градиента другого иона (чаще Na⁺), а не АТФ напрямую. Если оба вещества идут в одну сторону — это симпорт (котранспорт), если в противоположные — антипорт (обмен).

Простая диффузия — прямой переход веществ через липидный бислой по градиенту концентрации, без белков и без затрат энергии. Так проходят малые неполярные молекулы: газы (O₂, CO₂), стероиды, жирные кислоты, а также в небольшой степени вода.

Первично-активный транспорт — перенос веществ против градиента за счёт прямого расхода АТФ. Его осуществляют белки-насосы (АТФазы): Na⁺/K⁺-АТФаза, Ca²⁺-АТФаза, H⁺/K⁺-АТФаза. Они создают и поддерживают ионные градиенты клетки.

Транспортные системы — мишени лекарств и место развития болезней. Примеры: ингибиторы протонной помпы (омепразол), сердечные гликозиды (ингибиторы Na⁺/K⁺-АТФазы), ингибиторы SGLT2 при диабете, оральная регидратация (Na⁺-глюкозный симпорт), каналопатии (муковисцидоз — дефект CFTR), несахарный диабет (аквапорины).